Na história do Centro de Linguística da Universidade de Lisboa podem reconhecer-se três momentos.

1932-1976: Centro de Estudos Filológicos (CEF), dependente do Instituto de Alta Cultura.

1976-2007: Centro de Linguística da Universidade de Lisboa (CLUL), inicialmente dependente do Instituto Nacional de Investigação Científica  (INIC) e integrado na Universidade de Lisboa a partir de 2004.

2008: Centro de Linguística da Universidade de Lisboa, unidade da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa, integrada na área das ciências da linguagem, resultante da fusão com a Onset-CEL, Unidade de I&D criada em 2004.  Seguindo orientações da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, a Onset-CEL iniciou o processo de fusão com o CLUL em 2007, concluído em 2008.

O actual CLUL estrutura-se em cinco grupos de investigação e tem as suas instalações na Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa.